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联赛阶段欧冠冠军和“欧战积分”排名前8的俱乐部为第一档球队（即种子队），其余27支队伍根据“欧战积分”分为二三四档。每支球队将与4个分档中分别随机抽取的2队共8支球队各进行一场比赛，主客场由抽签决定需保证每支球队有4个主场和4个客场，同协会球队不会相遇，每支球队最多只能与来自同一协会的两支球队相遇。淘汰赛每轮比赛均为主客场两回合，如遇不可抗力会安排在中立场地进行新宝2足球网比赛；决赛在中立场地进行。淘汰赛附加赛抽签规则：联赛阶段积分9-16的球队为种子队，积分17-24的球队为非种子队，种子队与非种子队进行主客场两回合比赛，非种子队先主后客，优胜者进入16强。1/8决赛抽签规则：联赛阶段积分1-8的球队为种子队，淘汰赛附加赛优胜的8队为非种子队，种子与非种子队进行主客场两回合比赛，非种子队先主后客，优胜者进入8强。

其中决赛出现过8次： 1999/00赛季决赛 —皇家马德里对瓦伦西亚（同为西班牙球队） 2002/03赛季决赛 —AC米兰对尤文图斯（同为意大利球队） 2007/08赛季决赛 —曼联对切尔西（同为英格兰球队） 2012/13赛季决赛 —拜仁慕尼黑对多特蒙德（同为德国球队） 2013/14赛季决赛 —马德里竞技对皇家马德里（同为西班牙球队） 2015/16赛季决赛 —马德里竞技对皇家马德里（同为西班牙球队） 2018/19赛季决赛 —托特纳姆热刺对利物浦（同为英格兰球队） 2020/21赛季决赛—新宝2足球网曼彻斯特城对切尔西（同为英格兰球队） 13、2005/06赛季的利物浦成为首支参加过全部三圈外围赛而晋级淘汰赛阶段的球队（由1999/00赛季开始）；切尔西以卫冕冠军的身份参加2012/13赛季的欧冠小组赛，可惜小组未能出线，成为欧冠改制以来首支未能晋级淘汰赛阶段的欧冠卫冕冠军。

，淘汰赛阶段对阵每轮都进行抽签。2015/16赛季起，欧联卫冕新宝2足球网冠军将获得欧冠参赛资格（至少可参加附加赛）。2018/19赛季起，资格赛（三轮）前增设预赛轮（半决赛和决赛），欧联卫冕冠军与欧冠卫冕冠军一样会直接参加欧冠小组赛。此外，“欧战积分”排名前四协会旗下顶级联赛前四名同样直接参加欧冠小组赛。若欧冠卫冕冠军通过联赛成绩可获欧冠小组赛资格，“欧战积分”排名第11协会旗下顶级联赛冠军直接参加小组赛；

2008年9月26日，欧足联宣布从2016年起，欧洲足球新宝2足球网锦标赛决赛阶段参赛球队的数量扩大到24支。 2020年3月12日，根据欧足联官网消息，鉴于新冠肺炎疫情在欧洲不断蔓延，以及世界卫生组织对疫情的更新评估，欧足联决定，将邀请55个成员协会代表、欧洲俱乐部协会和各个联赛的代表于3月17日举行视频会议，届时讨论欧洲足球赛事应对疫情的下一步措施。